假陽性

假陽性是指出現的 PCR 擴增條帶與目的靶序列條帶一致，有時其條帶更整齊，亮度更高。產生的原因有：①引物設計不合適：選擇的擴增序列與非目的擴增序列有同源性，因而在進行 PCR 擴增時，擴增出的 PCR 產物為非目的序列；②靶序列太短或引物太短；③靶序列或擴增產物的交叉污染。解決方法有：操作輕柔，防止靶序列吸入加樣槍內或濺出離心管外造成污染；除酶及不能耐高溫的物質外，所有試劑或器材高壓消毒；離心管及加樣槍頭等一次性使用。必要時，可在加標本前，將反應管和試劑用紫外光照射，以破壞存在的核酸。

假陰性

假陰性是指不出現特異擴增帶，可能原因：引物設計不合理，酶失活或酶量不足，模板量太少，退火溫度不合適，循環次數過少，產物未及時電泳檢測等。解決方法有：重新設計引物，增加酶量或調換酶，增加模板量，調整退火溫度，增加循環次數，及時檢測擴增產物，一般在 48h 以內進行。